Niels Juel er søn af Erik Juel til Hundsbæk, dansk lensmand, embedsmand og rigsråd og Sophie Sehested. Han bliver født den 8. maj 1629 i Christiania i Norge, hvortil hans mor er flygtet, efter at Wallensteins hær under Trediveårskrigen gør indfald i Jylland, hvor familien bor. Faderen søger til Sjælland efter at være fordrevet fra sine godser. Niels Juel har seks søskende, hvoraf den mest kendte er Jens Juel, diplomat, politiker og godsejer og baron af Juellinge. Han bliver fra 1635 til 1642 opdraget hos sin moster Karen Sehested på Stenalt ved Randers Fjord, hvor han bliver undervist sammen med sin fætter Tyge Kruse. I 1643 tiltræder han som page for den senere Frederik III.
I 1647 bliver han indskrevet på Sorø Akademi. I 1649 sendes han til Tyskland, Frankrig og Holland for at studere søvæsen. Han er søkadet i hollandsk tjeneste, da Den første Engelsk-Hollandske Krig bryder ud 1652, og han deltager i flere søtræfninger og får derved en enestående lejlighed til at uddanne sig i krigsførelse. Efter fredsslutningen bliver Niels Juel skibschef i en eskadre, og i 1654-1655 deltager han i to togter på Middelhavet mod nordafrikanske pirater, som er et stadigt irritationsmoment for Holland.
I foråret 1655 vender han hjem til Danmark, hvor han bliver udnævnt til kaptajn. Han er chef for fregatten Sorte Rytter i eskadren, der skal forene sig med en hollandsk eskadre i Østersøen for at hindre den svenske flåde i at indeslutte Danzig og lægge hindringer i vejen for skibsfarten.
I 1657 er han chef for en eskadre, der placeres i Sundet, da forholdet til Sverige begyndte at blive spændt. Midt i maj får han ordre til at opbringe svenske skibe, hvorved krigen faktisk indledes - selv om den egentlige krigstilstand først regnes fra august samme år. Niels Juel udnævnes til admiral og chef for Holmen. Indtil videre tiltræder han dog ikke dette embede, da han med sin eskadre sendes til Østersøen for at slutte sig til hovedflåden under rigsadmiral Henrik Bielke. Under denne deltager Niels Juel i slaget ved Falsterbo, som nærmest ender uafgjort, men dog hindrer den af svenskerne planlagte landgang på Sjælland. I december 1657 tiltræder Niels Juel som chef for Holmen og indtager sit sæde i admiralitetet.
Efterfølgende bliver han chef for en eskadre i flåden under rigsadmiral Henrik Bielke og deltager den 30. april 1657 i kampen mod den svenske flåde ved Rødsand syd for Sjælland. Sammen med Cort Adeler sørger han for, at flådens materiel, der under krigen med Sverige er kommet i forfald, bliver bragt på fode igen. I 1658-1659 deltager han i Københavns forsvar under svenskernes storm på hovedstaden i spidsen for Holmens bådsmænd.
Den 23. juni 1661 bliver Niels Juel gift med Margrethe Ulfeldt i Holmens Kirke. Sammen får de fire børn. Fra 1657 bor Niels Juel i den af Christian IV byggede admiralsbolig i Store Kongensgade. Efter sit giftemål lader han opføre et palæ på hjørnet af Kongens Nytorv og Bredgade. Den imponerende bygning er i dag kendt som Thotts palæ - og huser i dag den franske ambassade.
Statens økonomi ligger i ruiner efter krigen, men det er nødvendigt for landets overlevelse, at flåden igen bringes på fode. Fra 1663 kommer der igen gang i bygningen af nye orlogsskibe, og indtil 1675 vokser antallet af store orlogsskibe fra 16 til 38. Denne udvikling må tilskrives Cort Adeler og Niels Juel.
I sommeren 1675 indtræder igen et spændt forhold til Sverige, da Sverige angriber Pommern. Danmark er allieret med Holland, og danske tropper marcherer ind i Nordtyskland for at angribe svenskerne, og den danske flåde skal ramme svenskernes forsyningslinjer over søen. Flåden, som nu har nye og moderne skibe, gøres klar, og kommandoen betroes til generaladmiral Cort Adeler, og Niels Juel bliver chef for en af eskadrene. I september 1675 sendes en dansk krigserklæring, og i løbet af de næste måneder indtager Danmark Wismar og Bremen-Verden, mens brandenburgerne indtager Stettin. I slutningen af oktober bukker Cort Adeler under for sygdom og og må gå i land, hvor han få dage efter dør.
Ved nytårstid indledes på initiativ af Rigskansler Peder Griffenfeld forhandlinger med den hollandske admiral Cornelis Tromp om at træde i dansk tjeneste som øverstkommanderende over den danske flåde med rang som generaladmiral. Der er næppe tvivl om, at Niels Juel har følt sig forbigået, men med sædvanlig loyalitet bøjer han sig for kendsgerningen. Til undskyldning for Griffenfeld tjener dels, at Niels Juel endnu ikke havde haft lejlighed til at vise sig som fører af en hel flåde, dels at det ville forbedre samarbejdet med Holland at antage en hollænder, der er anerkendt som en af tidens dygtigste flådeførere.
Tidligt om foråret 1676 udsendes Niels Juel med en eskadre til Gotland, hvor han sidst i april landsætter ca. 2000 mand, som indeslutter Visby fra landsiden, mens flåden angriber fra søsiden. Byen og resten af Gotland, som stadig er danskvenlig, kapitulerer snart. Niels Juel, som organiserer øens administration og sørger for forsyninger af levnedsmidler, bliver som tak udnævnt til guvernør over øen. Niels Juel sejler med sin eskadre til Bornholm, hvor han forener sig med en hollandsk eskadre. Her får han at vide, at den svenske flåde, som er den danske meget overlegen, nærmer sig. Niels Juel har instruks om ikke at indlade sig i kamp med en overlegen modstander. Den 25. maj får flåderne hinanden i sigte nord for Rügen, og hen mod aften begynder kampen. Snart ankommer generaladmiral Cornelis Tromp med en del danske og hollandske skibe til og overtager kommandoen over den samlede flåde. Efter en heftig kamp ved Řland får den dansk-hollandske flåde overtaget, og de svenske skibe forsøger at redde sig, men adskillige bliver taget under forfølgelse.
I februar 1677 sendes Tromp til Holland for at påse udrustningen af de hollandske skibe, der skal operere i de danske farvande. Så snart de danske farvande er isfri, går Niels Juel ud som chef for flåden. Mellem Femern og Gedser får den danske og den svenske flåde kontakt, og efter hæftige kampe, må den svenske admiral overgive sig til Niels Juel. Efter sejren lægger Niels Juel sig ind Køge bugt for at efterse sine skibe. Hertil ankommer de nyudrustede skibe, efterhånden som de bliver færdige på Holmen.
Den svenske hovedflåde, der er den danske overlegen i henseende til antal, størrelse og antal kanoner, stikker i søen i juni måned, hvor den observeres ved Bornholm. Da den hollandske hjælpeflåde under Tromp er undervejs, er det vigtigt for den svenske admiral at slå til, inden de to flåder forenes. Den 28.juni sender kongen Niels Juels yngre bror, gehejmeråd Jens Juel, om bord på admiralskibet som rådgiver og for at overvære krigsråd og med tilladelse til Niels Juel om at kunne handle efter konduite. Den 1. juli ligger de to flåder nord for Stevns, og kl. 6 begynder slaget. Kampen er hård, og Niels Juels flagskib Christianus Quintus (Christian V) bliver så medtaget, at han må flytte sit flag til Fredericus Tertius (Frederik III). Ved middagstid indser den svenske admiral slaget for tabt og sætter kurs nord om Bornholm, forfulgt af Niels Juel. Da Fredericus Tertius har fået flere grundskud, må han igen flytte sit flag, denne gang til Charlotte Amalie, med hvilken han fortsætter forfølgelsen.
Sejren giver Danmark det fuldstændige søherredømme under resten af Den Skånske Krig, og Niels Juel opnår hermed international anseelse og berømmelse for sit mod og sit strategiske overblik. Nok så vigtig er sejren for den danske selvforståelse, og især den omstændighed at den er opnået uden hollandsk hjælp. Sejren er formentlig den største i dansk søfarthistorie. Svenskerne mister otte linjeskibe og har 3.000 døde og sårede, mens Niels Juel ikke mister et eneste skib.
Kongen viser Niels Juel sin taknemlighed ved at udnævne ham til generaladmiralløjtnant. I 1678 køber han for sine prisepenge Valdemars slot samt en stor del af Tåsinge.
Da Tromp i sommeren 1678 bliver afskediget, bliver Niels Juel udnævnt til vicepræsident i admiralitetet. I krigens to sidste år er der ingen større operationer på søen. Der foretoges operationer mod Kalmar og Åland, og en eskadre sendes ind i Kalmarsund, hvor et svensk orlogsskib bliver erobret og et andet sprængt i luften.
Den 11. marts 1679 bliver Niels Juel udnævnt til ridder af elefanten, den fornemste danske orden. Den 1. april 1678 er han blevet udnævnt til geheimeråd med sæde i kongens råd.
Niels Juel som ridder af elefanten ved Køge Bugt, oliemaleri udført af Benoît Le Coffre, 1696
Den 23. august 1679 bliver der på slottet i Fontainebleau i Frankrig indgået, eller rettere dikteret, en fredsslutning. En fredsslutning, som ikke flytter en millimeter på landkortet, selv om største del af Skåne er på danske hænder. Solkongen Ludvig den 14. dikterer som Sveriges forbundsfælle, at freden i København fra 1660 skal stå ved magt. Selv om det fremgår, at alle i Skånelandene, adel, gejstlige, borgere og bønder, skal bevare deres ret, lov og gamle privilegier og friheder uforstyrret – "forblive urokkeligt i kraft og vigueur" bliver Skånelandene udsat for brutal forsvenskning. Skånske Lov bliver sat ud af kraft og afløst af svensk lovgivning, og svensk sprog bliver påbudt i kirker og skoler. Og efter krigen indledes en intensiv menneskejagt på modstandsfolk. Det anslås, at mindst 20.000 af en befolkning på ca. 200.000 forlader deres hjem i Skåne og flytter Danmark. Men det er en helt anden historie.
Efter fredsslutningen vender Niels Juel tilbage til sin post i admiralitetet, hvor han 1683 bliver præsident. Han har stadig overtilsynet med Holmen, mens det daglige tilsyn er overdraget til admiral Spån. To gange, i 1683 og 89, bliver han udkommanderet som chef for flåden, begge gange som følge af et anspændt forhold til Sverige.
Niels Juel dør i 1697. Efter en sørgehøjtidelighed bliver hans lig kørt til Holmens Kirke, hvor det bliver nedlagt i en forgyldt kobbersarkofag i et midlertidigt kapel i krypten.
Niels Juels sarkofag i Holmens Kirke
Da kirkens store kapel er fuldført, flyttes sarkofagen og Niels Juel og hans hustrus kister til kapelsalen. Under portrætbusten af Niels Juel ses Kingos hyldestdigt over søhelten og ved siderne sandstensrelieffer af de berømte søslag, som Juel deltog i.
Thomas Kingo: Gravskrift over Niels Juel - En mand af gammel dyd og dansk oprigtighed (1697)
Stå vandringsmand, og skue en søhelt an i sten,
og er du selv ej flint, er da hans døde ben,
thi det er hr. Niels Juel! Hvis marv og ben og blod
med fyrigt hjerte for sin konges ære stod!
Hvis manddoms drifter i så mange søslag står
og gennem hav og luft og land med ære går!
En mand af gammel dyd og dansk oprigtighed,
af ja og nej og hvad godt og ærligt véd!
Hans sjæl den er hos Gud, hans ben i denne grav,
hans navn i minde, mens der findes vand i hav.
I 1881 rejses en statue af Niels Juel ved Holmens Kanal ud for Nationalbanken. Statuen bliver rejst, da Danmark efter 1864-nederlaget har brug for en succeshistorie og en nationalhelt at søge oprejsning gennem. Derfor er det naturligt at afbilde den store søhelt fra Slaget ved Køge Bugt.
Statue af Niels Juel
Hvert år den 1. juli hylder Søelieutenantselskabet Niels Juel for hans fortjenester ved at lægge kranse ved statuen af ham ved Holmens Kanal.
Niels Juel er anerkendt som en af Europas dygtigste søkæmpere, men det er måske vigtigere, at han mestrede de administrative opgaver i fredstid, og det blev ham, der forestod flådens oprustning og anlæg af havneanlæg i Københavnsområdet. Måske er han i befolkningen overstrålet af Tordenskjold, sikkert fordi myterne om Tordensskjolds dristige bedrifter ikke alle veldokumenterede. Og så var Tordenskjold så heldig at dø tidligt. Det sætter fantasien bedre i spil.
I vores kongesang priser Johannes Ewald tre danske søhelte: Christian IV, Niels Juel og Tordenskjold. Nedenfor gengives verset med Niels Juel.
Kong Kristian stod ved højen mast
Tekst: Johannes Ewald, 1779, melodi: Fr. Kuhlau
Niels Juel gav agt på stormens brag:
Nu er det tid!
Han hejsede det røde flag
og slog på fjenden slag i slag.
Da skreg de højt blandt stormens brag:
Nu er det tid!
Fly, skreg de, hver, som ved et skjul!
hvo kan bestå mod Danmarks Juel,
hvo kan bestå mod Danmarks Juel, i strid?